Den har utspring fra Botnvatnet og renner mot øst og senere nordøst til den munner ut innerst i Batnfjorden ved Batnfjordsøra. Den lakseførende strekninga er litt over 10 km og det fiskes både laks og sjøørret i elva. Elva er i underkant av 20 km lang, og har et nedbørfelt på 70,49 km².Vassdraget er uregulert. Elva er stri med storsteinete bunnforhold.  Nedre del er påvirket av dyrket mark.

I Batnfjordselva ble G. salaris påvist i 1980. Vassdraget ble sannsynligvis infisert allerede i 1977, gjennom en utsetting av laksunger fra Akvaforsk. Elva ble rotenonbehandlet i 1994 og friskmeldt i 1998. Batnfjordselva ble infisert på nytt i 2000, mest sannsynlig som følge av brakkvannsvandring av smolt fra Driva. I 2004 ble det for første gang gjennomført kjemisk behandling ved bruk av kombinasjonsmetoden i Batnfjordelva. Parasitten ble påvist på nytt etter prøvetaking høsten 2006.

Kart av Batnfjordelva

Se kart av Batnfjordselva hos Kartverket.

Unngå smittespredning

Det er veldig viktig å unngå smitte fra Drivaregionen til friske eller friskmeldte elver og vassdrag. Derfor er det veldig viktig at alle som ferdes ved elver og ferskvann (herunder fiskere eller kajakkpadlere):

• ikke flytter eller setter ut fisk uten tillatelse fra Mattilsynet eller Fylkesmannen.
• vasker og sløyer fisken kun der du fanget den.
• tørker eller desinfiserer utstyr før du flytter det mellom eller innen vassdraget.
• bare slår ut vann i samme vassdrag som du hentet det fra.

Desinfiseringsutstyr for fiske i Batnfjordselva er i sentrum bak skoleområdet.